Scriptotheque

Un ensemble de scripts divers et variés permettant des actions diverses et variées  !

Various scripts making various things !

1. LancementProjet.sh :
   Appel : LancementProjet.sh NomProjet
   Ce script va générer une structure de  fichiers pour le développement de programmes
   1. Repertoire SRC  contient les sources du  programme + Makefile
   2. Repertoire MAN contient un manuel en LaTeX
   3. Repertoire EX  contient 3 sous repertoires avec chacun un  jeu d’essai
   4. Repertoire .CHK contient un script de test des exemples après recompilation

   NB : Le site n’aime pas les extensions en .sh, pensez à retirer l’extension .txt après téléchargement.

   Execution : LancementProjet.sh ProjectName
   This script create a structured set of files directories for software developpement

   1. Directory  SRC contain source  + Makefile
   2. Directory MAN  contain a LaTeX manual
   3. Directory EX contain 3 directory with one sample of data each
   4. Directory .CHK contain a test script for an easy test of the samples data after recompilation

   NB : The website doesn’t like .sh extension for the file, remove the .txt extension once the file has been downloaded

2. PrepIgvBatch.sh
   Appel : PrepIgvBatch.sh Position.csv Session.xml ~/Screenshot/
   Ce script créé un fichier de commandes batch pour IGV générant des captures d’écrans
   1. Nom de fichier indiquant les positions à capturer
   2. Nom du fichier de session IGV à charger
   3. Nom du repertoire où écrire les screenshots

 Execution : PrepIgvBatch.sh Position.csv Session.xml ~/Screenshot/

This script create a files to create screenshots with IGV batch option

1. Name of the file containing position (Chromosome, Bp) to capture
2. Name of the file containing IGV session settings
3. Name of the directory where screenshot should be stored